A partir de 1810, el movimiento independentista pasó por varias etapas, pues los sucesivos líderes fueron puestos en prisión o ejecutados por las fuerzas leales a España. Al principio se reivindicaba la soberanía de Fernando VII sobre España y sus colonias, pero los líderes asumieron después posturas más radicales, incluyendo cuestiones de orden social como la abolición de la esclavitud. José María Morelos y Pavón convocó a las provincias independentistas a conformar el Congreso de Anáhuac, que dotó al movimiento insurgente de un marco legal propio. Tras la derrota de Morelos, el movimiento se redujo a una guerra de guerrillas. Hacia 1820, sólo quedaban algunos núcleos rebeldes, sobre todo en la sierra Madre del Sur y enVeracruz.